（一）辦公室
負責區總工會工作部署的落實、督查；負責機構編製、組織人事、機關文秘、檔案、保密、信息、統計、勞動工資、印章管理、黨務、會務、調研、接待、計生、黨風廉政建設及行政後勤保障等工作；負責工會經費的收、管、用和工會資產的管理，負責單位內部財務管理；承擔辦公自動化、信息化建設和日常維護管理工作；負責與其他地區工會的聯絡、交流工作。
（二）基層工作部
負責指導基層工會組織建設和會員發展工作；負責會員代表大會和大會閉會期間的組織工作；指導基層工會做好工會換屆改選及領導幹部的任免審批手續；製定工會幹部的管理製度和培訓計劃；指導本區各級工會的民主參與、民主管理和民主監督工作，推動基層工會堅持職工代表大會製度和開展廠務公開、民主評議企業領導幹部等工作；負責基層工會社團法人資格證的核發工作；負責工會的宣傳教育工作；負責指導全區職工文化體育活動；指導街鎮工會職工服務站點建設和“職工之家”活動；負責區總工會女職工委員會辦公室工作。
（三）權益保障部
製定有關工會、勞動等方麵的政策措施、規章製度；向區委、黨工委、區政府、管委會以及上級總工會反映職工群眾的意願和要求，提出相關建議；推動企業建立平等協商及集體合同製度和監督保證機製,組織職工參與企業民主管理工作；參與監督檢查安全生產、職工勞動保護法律、法規和政策措施執行情況；推動職工社會保障和集體福利事業的發展，維護職工的合法權益；參與工傷事故、勞動爭議案件的調查處理工作；負責職工的法律谘詢、法律援助和群眾來信來訪的處理工作；管理區濟難基金的工作,指導各級工會做好職工互助保險、特困、困難職工救濟工作；負責工會經費和工會資產的審查、審計工作，負責所屬各級工會組織財務監督工作，負責經費審查委員會日常工作；協助做好勞動模範、先進集體的評選、管理工作；負責區勞動競賽工作；組織、指導基層工會實施群眾性經濟技術創新活動；配合有關部門做好維穩綜治、平安創建、禁毒、普法宣傳和再就業等工作。
下屬事業單位:黃埔區總工會（廣州開發區總工會）職工服務中心
職責：
（一）負責組織開展全區員工公寓、企業（員工）以“金雁文化”為主題的係列服務；
（二）負責全區異地務工人員人文關懷工作；
（三）負責全區異地務工人員的文化體育、宣傳教育、谘詢服務等工作；
（四）承辦區委、黨工委、區政府、管委會和區總工會交辦的其他事項。