辦公室

承擔局黨組及局機關的日常黨務、政務工作，綜合協調局機關各科（室）及屬下事業單位的工作；組織擬訂局機關的各項規章製度並組織實施；負責局黨組、行政重大會議的組織和會務工作；負責會議決定事項、領導決定、議定、批辦事項的督辦工作；負責機關文秘、機構編製、組織人事、政務公開、信息、檔案、保密、信訪、修誌、議案、提案、計生、財務及財產管理、後勤管理等工作；負責指導局屬事業單位的班子建設、財務管理和審計工作；負責機關黨建、紀檢監察、工青婦工作；負責協調機關辦公信息係統的建設和應用工作。

水利科

負責組織編製全區水利工作規劃、江河流域綜合整治利用規劃、水資源利用規劃，製定水利工程建設中長期計劃和年度投資計劃，並組織、協調、監督計劃的落實及實施；負責水利統計工作；負責區域河道采砂、取水等行政許可工作；指導水利工程項目建議書、可行性研究報告的編製工作；組織實施水利工程初步設計、工程概算等行政審批工作，協調相關部門落實水利工程規劃、用地和環境評價等工作；組織編製水利工程設施的維修、養護、加固除險、更新改造計劃；組織、協調農田水利基本建設並組織實施；組織水土流失監測、監督，負責建設項目水土保持方案的審批、監督實施及水土保持設施的驗收工作，協調水土流失綜合治理工作；組織水利工程設施的運行、維護和養護；負責占用、變更、廢棄水利設施的申報、審批工作；負責本區河道（河湧）、堤防、水庫（山塘）、湖泊、水閘、泵站等行政管理，負責防洪安全、河勢穩定、堤防安全相關工作；組織實施河道管理範圍建設項目等行政許可製度，承擔河道采砂的相關管理，組織征收河道占用費、審批河道排汙口的設置、改建和擴建；指導河道堤上建築物的整治；組織河道采砂管理費、河道管理範圍占用費、水資源費、水土保持補償費等水行政事業性收費的征收工作；負責監督、指導水務工程招投標；負責黃埔區水利水電工程移民和三峽移民安置管理工作;協調水利水電工程移民和三峽移民後期扶持管理工作負責落實綜合防災減災規劃相關要求，組織編製洪澇幹旱災害防治規劃和防護標準並指導實施；協調水情旱情監測預警工作；組織編製重要江河湖泊和重要水工程的防禦洪水抗禦旱災調度和應急水量調度方案，按程序報批並組織實施；承擔防禦洪水應急搶險的技術支撐；承擔台風防禦期間重要水利工程調度工作。根據法律法規的規定，在本部門職責範圍內承擔相應的安全生產監管職責。

給排水管理科

負責編製給排水規劃、給排水工程年度建設計劃、設施維護計劃並組織實施；依照相關給排水設施建設、運行、管理的標準、規範和規程組織監督實施；負責排水設計條件谘詢、施工臨時排水許可證、排水管網接駁核準、水質檢測、排水許可證核發和遷改、臨時占用排水設施等排水管理審批工作；負責指導開展城市公共排水管網、城中村（農村）截汙、汙水就地處理設施的建設、雨汙分流改造及排水應急管理工作；指導區建汙水處理廠的建設工作；負責指導排水、供水行業建設與管理工作，負責區組織的排水工程建設項目的技術審查、方案審批等工作；負責供水計劃審批，牽頭組織轉製社區（城中村）自來水管網改造工程管理工作；協調城市建設中涉及水務設施的配套工作；負責省、市明確下放的其他審批及服務事項工作（不包含市水務局承擔的審批事項和管理範圍）。組織、指導和監督節約用水工作，保障城鄉供水安全；指導城市內澇搶險應急管理工作。根據法律法規的規定，在本部門職責範圍內承擔相應的安全生產監管職責。

水政執法大隊

負責宣傳貫徹水務法律法規；按照管理權限和屬地管理原則查處全區水務違法案件，維護正常水事秩序；處理本行政區域內因水政執法引起的重大水事信訪案件；依法保護水資源、水域、水工程、水土保持生態環境，以及開展防汛抗旱、供水與排水的監督檢查，對違反水法規、供水與排水法規的行為依法作出行政裁定、行政處罰或者采取其他行政措施；依法查處未按規定繳納水行政事業性收費的違法行為。

河湖科

承擔最嚴格水資源管理製度中涉及水質的相關工作。承擔推進河長製湖長製的組織實施具體工作。