中華人民共和國成立前，黃埔地區屬番禺縣管轄。1951 年劃入廣州市，1953 年 1 月第一次建立區級建製，轄 2 鎮 16 鄉和 45 個自然村。1956 年 6 月 25 日第一次被撤銷，並入廣州市郊區。1960 年 7 月第二次建立區級建製。1962 年 8 月 23 日第二次被撤銷，並入郊區。1973 年 11 月 13 日第三次建立區級建製。1977 年 3 月，管轄黃埔人民公社、南崗人民公社、長洲鎮、 黃埔街、 紅山街。1980 年 7 月，召開第一次人民代表大會，成立廣州市黃埔區第一屆人民代表大會常務委員會和廣州市黃埔區第一屆人民政府（區級班子屆次由此起計）。1989 年 1 月至 2002 年 8 月，轄大沙、南崗、長洲等 3 個鎮及黃埔、紅山、魚珠、夏港等 4 個街道辦事處。2002 年 8 月“撤鎮設街”，撤銷大沙、南崗、長洲等 3 個鎮，新設大沙、文衝、南崗、穗東、荔聯和長洲等 6 個街道辦事處，同時“撤村建居”，橫沙、姬堂、茅崗、雙沙、文衝、下沙、九沙、南崗、沙步、夏園、廟頭、南基、滄聯、筆崗、深井、長洲等 16 個村民委員會停止運作，成立社區居委會。2002 年底，全區居民委員會重新調整劃分。調整劃分後，有社區居民委員會 58 個。至此，黃埔區行政區劃範圍有黃埔、魚珠、紅山、夏港、南崗、荔聯、穗東、大沙、文衝、長洲等街道辦事處 10 個。2003 年 1 月 24 日零時起，根據廣州市政府決定，黃埔區將荔聯街筆崗社區範圍內的一切行政社會事務及其下屬的全部人員、財產、債權債務整建製移交廣州經濟技術開發區管理委員會管理，是年 5 月 24 日零時起，根據市政府決定，夏港街道辦事處行政區劃範圍內的一切行政管理事務，由廣州經濟技術開發區管理委員會承接。2005 年 11 月，黃埔區與蘿崗區雙方政府簽署行政區域界線協議書，將廣州經濟技術開發區東暉廣場（含夏園農民公寓）、廣州經濟技術開發區東區（即黃埔區荔聯街滄聯社區中廣州經濟技術開發區的征地管理部分和南崗街南崗社區南康新村）、廣州經濟技術開發區科學城（即黃埔區大沙街姬堂社區中廣州經濟技術開發區的征地管理部分）、廣州保稅區等 4 個區域劃歸蘿崗區管理。2014 年 1 月 25 日，國務院同意撤銷廣州市黃埔區、蘿崗區，設立新的廣州市黃埔區，以原黃埔區、蘿崗區的行政區域為新的黃埔區的行政區域，黃埔區人民政府駐蘿崗街道香雪三路 1 號。中華人民共和國成立前，蘿崗地區分屬番禺縣和增城縣等管轄。中華人民共和國成立後，蘿崗地區分別由番禺縣、增城縣（市），廣州市白雲區、黃埔區、天河區等管轄。2005 年 4 月 28 日，國務院批準廣州市在廣州開發區基礎上成立蘿崗區。白雲區蘿崗街道，鍾落潭鎮九佛、穗北 2 個居委會和紅衛、鳳尾、埔心、蟹莊、楓下、佛塱、燕塘、蓮塘、山龍、重崗、黃田、何棠下、逕下、長庚 14 個村，黃埔區夏港街道、荔聯街道筆崗居委會、穗東街道東基和西基 2 個自然村，天河區新塘街道玉樹村，增城市中新鎮鎮龍居委會和鎮龍、逕頭、九樓、大坦、麥村、金坑、均和、福洞、福山、大涵、湯村、旺村、洋田、新田 14 個村，新塘鎮賢江、新莊、永崗、禾豐 4 個村劃歸蘿崗區管轄。區政府駐廣州經濟技術開發區誌誠大道。同年 7 月 29 日，廣州市市委、市政府在廣州東方賓館舉行行政區劃調整管理交接儀式；9 月 28 日，蘿崗區人民政府掛牌成立，管轄麵積 393.22 平方千米。2009 年 8 月，廣州開發區、蘿崗區領導機關和主要職能部門辦公地點整體搬遷至香雪三路 1 號廣州開發區蘿崗區行政服務中心。區內有廣州經濟技術開發區、廣州高新技術產業開發區、廣州出口加工區、廣州保稅區 4 個國家級開發區，擁有國內對外開放度最高的經濟區域——廣州保稅物流園區，還有正在建設的以知識經濟為核心的中新廣州知識城。2014 年 1 月，國務院批準撤銷蘿崗區，2015 年 8 月底，蘿崗區停止運作。廣州開發區機構和職能從原蘿崗區獨立出來單獨設置。2015 年 9 月 1 日，新黃埔區掛牌，原黃埔區與蘿崗區行政區域合並成立新的黃埔區。

　　2017 年 9 月，黃埔區、廣州開發區深度融合。2018 年 9 月 18 日，黃埔區撤銷蘿崗街道，設立新的蘿崗街道、長嶺街道，撤銷荔聯街道、東區街道，設立雲埔街道。2019 年 3 月 7 日，撤銷九龍鎮，設立新龍鎮、九佛街道和龍湖街道； 3 月 27 日，雲埔街道掛牌成立；3 月 28 日，長嶺街道掛牌成立；3 月 30 日，新的蘿崗街道掛牌成立。