廣州開發商務局設6個內設機構：

　　（一）辦公室。負責本部門日常事務，承擔各類會議及其他重要活動的籌備和組織工作；督促檢查工作部署、決定事項、領導批辦交辦事項等的落實情況；組織起草文件文稿，承擔政務公開、編發工作信息、審核發布公文等任務；負責機要保密、印章管理、檔案管理、後勤服務和接待等行政管理工作；負責黨務、廉政、人事、機構編製、財務、計生、資產管理等工作；承擔辦公自動化、信息化建設工作。

　　（二）商貿發展科。組織編製全區商貿業規劃並組織實施，監測分析商貿宏觀運行狀況；負責編製全區商業網點發展規劃並組織實施；負責協調推進商貿集聚區、特色商業街、大型購物中心等規劃建設和專業批發市場轉型升級；指導冷鏈物流業發展；製定全區電子商務相關政策措施，促進電子商務發展，負責電子商務產業集聚區、平台、支撐服務體係建設；承擔電子商務推廣與應用工作。承擔職責範圍內相應的安全生產監管職責。

　　（三）外貿發展科。負責進出口貿易管理和服務工作；負責監測分析全區進出口狀況，研究對外貿易發展趨勢；負責服務貿易和服務外包工作；負責推動加工貿易企業轉型升級；負責跨境電子商務等外貿新業態促進工作；負責依法管理、監督和服務對外投資、對外承包工程、對外勞務合作等對外經濟合作業務；指導外貿企業開拓國際市場。承擔職責範圍內相應的安全生產監管職責。

　　（四）商務服務業科。擬訂並組織實施商務服務業發展規劃和政策措施；擬訂並組織實施餐飲業、家庭服務業、住宿業、美容美發業、洗染業、家電維修等生活服務業發展規劃和政策措施；協助餐飲業和服務業行業開展等級評定；配合市製定並組織實施生活服務行業技術、技能、服務質量標準；負責特種商貿業發展工作，對租賃（融資租賃除外）、舊貨流通、汽車流通業等進行監督管理；負責對內外資直銷企業服務網點方案加具意見；負責報廢機動車回收拆解行業的管理；承擔職責範圍內相應的安全生產監管職責。

　　（五）市場秩序科。協調全區整頓和規範商貿流通市場經濟秩序的相關工作，研究提出規範市場秩序的政策措施建議；參與建立市場誠信公共服務平台、推動商務領域信用建設；負責單用途商業預付卡相關行政管理；製定和實施再生資源回收行業發展規劃和促進政策，推進再生資源回收利用體係建設，指導和管理再生資源回收工作，規劃再生資源回收網點建設；負責統籌商務領域投訴；負責統籌職責範圍內相應的安全生產監管工作。

　　(六)口岸管理科。組織擬訂並實施區口岸建設發展規劃，負責口岸綜合管理和協調及按管理權限辦理全區口岸的開設、關閉、搬遷及技改建設的審查、報批等工作。